Hola. Vaya fastidio!! Yo no soy experto, pero intentaré ayudar.
Lo primero es tener la máxima información; ¿que partes del motor cambiaste? (Puedes haber cambiado o no la ECU, culata, cables, etc…) ¿Que otras partes que no sean del motor cambiaste? ¿Sucedió desde el momento que lo cambiaste o ha aparecido de manera gradual? ¿Hay algún otro fallo o comportamiento raro?
No sé que puede ser pero confío que en el foro, con más info, alguien te puede ayudar.
Lo primero que haría, si no cambiaste la ECU, es resetearla, aunque deberían haberlo hecho al cambiar motor sin cambiar ECU… pero bueno, lo puedes hacer fácilmente.
-Desconectas la batería 20 minutos.
-Conectas la batería.
-Pones llave y giras contacto sin arrancar durante 30 segundos.
-Arrancas y dejas al ralentí 10 minutos sin tocar nada.
-Apagas moto y quitas contacto.
No tendría muchas expectativas en que esto solucione nada, pero es gratis hacerlo y no puedes romper nada así que al menos quitas una cosa de la ecuación.
Me quedo a ver como evoluciona el tema, suerte!